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出口海外仓模式属于跨境电商贸易方式之一，按照现行出口退税规定，其出口退税的办理，只要达到出口退税的前提条件，即可以申报办理出口退税。
目前，跨境电商出口海外仓业务，根据海外仓库类型区分，主要有三种：
出口至境外电商平台仓库模式 第三方海外仓模式 自建海外仓模式
根据销售模式区分，海外仓出口大致可分为两类情形：
第一类是跨境电商出口海外仓企业在出口货物时，即将货物销售给境外公司，并在货物抵达后存入指定海外仓，后续由境外公司在电商平台运营销售。该情形下，货物报关出口时，已经实现销售。 第二类是跨境电商出口海外仓企业先将货物出口备货至海外仓库，再通过境外电商平台销售给境外消费者。该情形下，货物报关出口时，尚未实现销售。
根据《操作指引》：
第一类情形下，出口海外仓的货物报关离境时已实现销售，可按现行规定向主管税务机关申报办理出口退税。 第二类情形下，待货物报关离境并实现销售后，即可根据实际销售的情况，申报办理出口退税。税务部门优化退税管理模式，支持此类情形下的海外仓出口货物，根据实际销售情况，选择一次性申报退税，或者选择分批申报退税，即不用等某批货物完全实现销售后再申报退税，而是可就已经实现销售的部分货物分批申报。
《操作指引》明确，跨境电商海外仓出口企业办理出口退（免）税，与其他出口企业并无区别，均可按照现行出口退（免）税规定办理。
为切实解决企业在办理过程中的实际问题，《操作指引》对具体办理出口退（免）税业务时，涉及的出口退（免）税备案、申报办理、备案单证管理、收汇要求等关键业务涉及的出口退（免）税管理规定、信息系统实务操作等进行了梳理，以方便企业对照办理。
同时，《操作指引》也附列了跨境电商出口海外仓业务退税适用的出口退（免）税政策文件。